Le infezioni virali dell’apparato respiratorio sono altamente contagiose e possono essere causate da di- versi agenti patogeni quali: virus influenzale, il virus parainfluenza, il virus Respiratorio Sinciziale, i Coronavirus, Rhinovirus, Coxsackivirus, Adenovirus, Bocavirus, Metapneumovirus.
Un virus è un piccolo organismo infettivo, molto più piccolo di un fungo o di un batterio, che deve in- vadere una cellula vivente per riprodursi. Il virus aderisce a una cellula ospite, vi penetra e libera il suo DNA o RNA all’interno della cellula stessa. Il DNA o l’RNA del virus rappresenta il materiale ge- netico che contiene le informazioni necessarie al virus per replicarsi. Il materiale genetico del virus as- sume il controllo della cellula e la costringe a replicare il virus. Generalmente, la cellula infetta muore poiché impedisce lo svolgimento delle sue normali funzioni. Prima di morire, la cellula libera nuovi virus, che continuano a infettare altre cellule.
Tra i virus emergenti che possono causare infezioni respiratorie ritroviamo:
♦ il SARS-CoV la prima volta identificato nel 2002;
♦ l’Influenza aviaria causata da virus H5N1, H7N9;
♦ il MERS-CoV identificatonel 2012;
♦ il nuovo Coronavirus denominato SARS-CoV-2.
Le particelle virali del SARS-CoV-2 hanno una forma sferoidale con un diametro di circa 100-160 na- nometri. Presentano un envelope lipidico in cui sono ancorate le glicoproteine di superficie del virus che conferiscono alla particella virale una caratteristica forma a corona, da cui il nome coronavirus. Il genoma è costituito da RNA a singola catena a polarità positiva di circa 30 kb. Il virus contiene 4 prote- ine strutturali e 16 proteine non strutturali. L’attacco del virus alla cellula è mediato dall’interazione della proteina Spike con il recettore cellulare costituito dall’enzima angiotensina convertasi (ACE 2) a cui segue la sua internalizzazione e fusione con la membrana dell’endosoma tramite attività proteasiche e successivo rilascio nel citoplasma dell’RNA genomico. Questo viene immediatamente tradotto nelle poliproteine pp1a e pp1ab poi processate per dare la replicasi e altre proteine non strutturali responsabili della replicazione del genoma ed espressione delle proteine strutturali e accessorie preceduta da una trascrizione discontinua di RNA subgenomici a polarità negativa su cui vengono sintetizzati i relativi RNA messaggeri (mRNAs). Successivamente le proteine virali si assemblano con l’RNA genomico a cui segue il rilascio di nuove particelle virali. I coronavirus appartengono alla famiglia Coronaviridae. A dicembre 2019 è stato identificato il nuovo coronavirus e il 7/1/2020, la sequenza nucleotidica resa disponibile in pochi giorni, ha mostrato un’identità genetica di circa 80% con SARS-CoV-1 precedente- mente identificato nel 2002. Tale Virus, definito appunto SARS-CoV-2 è altamente contagioso per l‘uomo tale da indurre l‘Organizzazione Mondiale della Sanità a dichiarare lo stato di Pandemia. L’analisi dei pazienti per la ricerca del virus SARS-CoV-2 sarà effettuata su acido nucleido (RNA), opportunatamente isolato da tampone di alte/basse vie respiratorie, mediante una Real-Time RT PCR Simplex che identifica l’agente della nuova malattia da coronavirus (COVID-19) utilizzando come tar- get due regioni del gene N (N1 ed N2) che codifica per il nucleocapside virale e si identifica come con- trollo il gene RNase P umano (RP).
La Real-Time RT PCR quindi si basa su tre processi principali: isolamento dell'RNA del virus dai cam- pioni, trascrizione inversa dell'RNA, amplificazione in tempo reale del cDNA.
Il kit SARS-Cov-2 prevede l'identificazione mediante Tecnica Real-Time RT-PCR del virus del SARS- CoV-2, in particolare con il fluoroforo FAM si identifica N1, con il fluoroforo VIC si identifica N2 e con il fluoroforo FAM la Mix RP. Il Kit Ampli SARS-CoV-2 ha una specificità ed una sensibilità pari al 99%
